میکروب شناسی، فراتر از کاربرد مستقیم آن در پزشکی نتایج نظری و کاربردی بسیاری دارد. میکروارگانیسم ها در گردش مواد غذایی نقش ضروری دارند و در زنجیره غذایی عناصری بنیادی به شمار می روند. آنها می توانند همراه جانواران و گیاهان زندگی کنند و اغلب در بقای میزبانشان نقش حیاتی دارند. با کنترل رشد میکروب ها از آنها می توان در تولید مواد غذایی مهم، مواد شیمیایی با ارزش از نظر تجارتی و موادی برای مبارزه با بیماری ها استفاده کرد. بنابراین، با آکه گاهی آنها عامل ناراحتی و بیماری انسان ها هستند ولی در حفظ و تقویت زندگی نیز نقش اساسی دارند.

در بین زمینه های حرفه ای متعددی که از میکروب شناسی متاثر بوده اند، شاید پزشکی بیش از همه مستقیماً از میکروب شناسی تاثیر پذیرفته است. مسئولان حرفه ای بهداشت باید همیشه آثار میکروارگانیسم های موجود در بیمارستان، درمانگاه، اجتماع، بدن بیماران و خود پزشکان را در نظر داشته باشند. دست های آلوده کارکنان ناآگاه، ناآزموده یا بی توجه مشاغل پزشکی می تواند با انتشار میکروب های بیماری زا جان بیماران را به خطر اندازد.

بیشتر مردم هنگام ابتلا به بیماری های عفونی به پزشک مراجعه می کنند. گرچه بیشتر موارد ابتلا خفیف اند و خودبخود محدود می شوند، اما برخی از آنها حیات بیمار را تهدید می کند. پیشگیری و درمان بیماری های عفونی به گردآوری و کاربرد اطلاعات میکروب شناسی بستگی دارد. شناخت کامل میکروارگانیسم ها، فعالیت های آنها و اثرات آنها بر میزان انسانی در کیفیت مراقبت از بیمار امری اساسی است.